Работает в области фигуративной графики, в авторской пастельной технике: использует пастель, картон, обработанный особым образом, и реставраторский скальпель – для проработки деталей.
Несмотря на то, что Ян как художник формировался в среде неформальных ленинградских тусовок 1980-х (Сайгон, рок-клуб и т.д.), в его работах больше всего заметно влияние традиционной академической культуры с ее вечными сюжетами и символами.
Главный герой работ Яна – Петербург, который становится его альтер-эго и предстает в его работах живым существом.
У художника есть своя система символов и знаков: красно-белая оградительная ленточка становится оберегом; рыбы – отсылкой одновременно к библейским сюжетам и к личной жизни; трехцветный мячик – неизменный атрибут работ Яна – отсылает к фильмам Андрея Тарковского, который оказал большое влияние на художника. В коллекции Тарковских хранится несколько работ Антонышева.
Ян – активный участник градозащитного движения Петербурга, призванного защитить исторические здания от уничтожения.